UMAN[iA] · Intelligence bibliométrique pour la recherche clinique

HAL
BIBLIO

📎 Fichier 🔬 Deep Opus 4.6 ▼ ⚙ Réglages 🎙
💬 BIBLIO ⚡ DIAG 👁 OBSERVE 🎙 VOICE 🚛 TERRAIN 250M+ · PubMed 2026 · ~40 min

De la question clinique à la cartographie complète de la littérature mondiale. Clusters, lacunes, questions de recherche distillées. 250 millions d'articles.

S01 — Source
250M+
Articles OpenAlex
S02 — Crawlés
55 330
Articles analysés
S03 — Clusters
197
Clusters identifiés
S04 — Distillé
68
Questions distillées
S05 — En ligne
17
Études publiées
01 — Crawl
OpenAlex
250M+ articles · polite pool
02 — Co-citation
Matrice Sparse
Graphe ≥2 co-citations
02b — Resolve
Metadata
98.5% résolu · batch 50 IDs
03 — Clustering
Leiden + Louvain
Double algo · stabilité Jaccard
03b — Full-text V5+
PDF auto
Unpaywall · cache local
03c — Embeddings V5+
SPECTER2
Fusion co-cit + sémantique
04 — Synthèse
LLM Multi-axes
Claude Opus · cross-synthèse
04b — Distillation V5+
Questions PICO
Lacunes → questions de recherche · MD + JSON
05 — Output
Rapport + Dashboard
d3.js · BibTeX · CSV
Pipeline v6 — Production autonome

Études

30 études · 16 mars 2026
HAL-BIBLIO · VPS · 29/04/2026
Complet
Psychédéliques & Axe Microbiote-Intestin-Cerveau
Axe 1: Signalisation 5-HT2A & métabolites microbiens, Axe 2: Dysbiose & neuroinflammation dans TDAH/TSA, Axe 3: Psychédéliques & modulation immuno-intestinale, Axe 4: Biomarqueurs & essais cliniques neuro-GI. Pipeline v6 · Gemini Embedding · $0.86 · 17 min.
4
Axes
$0.86
Coût
HAL-BIBLIO · VPS · 22/04/2026
Complet
Fibrose & Tissu Adipeux
Axe 1: Remodelage matriciel adipocytaire, Axe 2: Inflammation et dysfonction métabolique, Axe 3: Cibles anti-fibrotiques adipocytaires, Axe 4: Biomarqueurs et phénotypage clinique. Pipeline v6 · Gemini Embedding · $1.08 · 26 min.
4
Axes
$1.08
Coût
HAL-BIBLIO · VPS · 22/04/2026
Complet
Ocytocine & Obésité
Axe 1: Mécanismes neuroendocriniens, Axe 2: Physiopathologie métabolique, Axe 3: Interventions thérapeutiques, Axe 4: Traduction clinique. Pipeline v6 · Gemini Embedding · $1.03 · 23 min.
4
Axes
$1.03
Coût
HAL-BIBLIO · VPS · 16/04/2026
Complet
Vitiligo & Mastocytes
Axe 1: Signalisation mastocytaire cutanée, Axe 2: Auto-immunité et destruction mélanocytaire, Axe 3: Ciblage thérapeutique des mastocytes, Axe 4: Biomarqueurs et suivi clinique. Pipeline v6 · Gemini Embedding · $0.97 · 17 min.
4
Axes
$0.97
Coût
HAL-BIBLIO · VPS · 16/04/2026
Complet
Mastocytes & Modulation Immunitaire
Axe 1: Signalisation mastocytaire, Axe 2: Mastocytes et immunopathologies, Axe 3: Ciblage thérapeutique, Axe 4: Biomarqueurs et stratification. Pipeline v6 · Gemini Embedding · $1.01 · 26 min.
4
Axes
$1.01
Coût
HAL-LIGHT-v2 · Analyse rapide peer-reviewed
En ligne
HAL Light v2
Synthèse bibliométrique en 3 minutes · 75 articles (OpenAlex + PubMed 2026) · 5-7 full-text via Europe PMC · Calibration des preuves (solide / modéré / émergent / spéculatif) · Peer review adversarial · Lacunes actionnables · Questions de recherche · PDF automatique. Le meilleur de Consensus + la calibration HAL.
⚡ 3 min 75 articles 5-7 full-text Peer review Calibration
⚡ Lancer une analyse 🔬 Mode Deep
Exemples PDF Light v2
Fibroblast & Vitiligo
74 articles · 5 full-text · 5 corrections peer review
Psilocybine & Dépression
73 articles · 6 full-text · peer-reviewed
Jeûne Intermittent & Cancer
75 articles · calibration + gaps + questions
Curcumine & Glioblastome
75 articles · full-text Europe PMC
HAL-EXTRACT · Opérationnel
En ligne
HAL Extract
Extraction structurée de variables depuis les abstracts. Corpus → Claude → Excel/CSV. Le chaînon manquant face à Elicit. Transforme un corpus d'articles en tableau de données exploitable : population, intervention, endpoints, résultats, niveau de preuve.
📊 Excel consolidé
Vitiligo — 4 axes
Variables extraites : population, mécanisme, endpoint, résultat
📊 Excel détaillé
Axe 1 — Full extraction
Toutes les variables par article
📄 CSV corpus
372 articles — metadata
DOI, titre, journal, citations, année
Architecture technique

Pipeline V5+

1 200+ lignes · Python · Local
Étape 01 — CRAWL
OpenAlex
250M+ articles, superset de PubMed, mise à jour quotidienne. Polite pool, 200 articles/page, cap configurable. Source ouverte, zéro coût API.
Étape 02 — CO-CITATION
Matrice sparse
Construction du graphe de co-citation. On garde les références citées par ≥2 articles. Le graphe explose de 2 000 à ~14 000 nœuds. C'est ici que la structure invisible de la littérature devient visible.
Étape 02b — RESOLVE
Metadata Resolve
Second pass OpenAlex par batch de 50 IDs. 13 843 références → 13 629 résolues (98.5%). Chaque nœud obtient titre, auteurs, journal, citations. Surcoût : 30s. Coût API : 0€.
Étape 03 — CLUSTERING
Leiden + Louvain
Double clustering avec deux algorithmes indépendants. Mesure de stabilité par Jaccard inter-algorithmes (79-100%). Si les deux trouvent les mêmes groupes, la structure est robuste.
Étape 03b — FULL-TEXT V5+ NEW
Récupération texte intégral
Téléchargement automatique des PDFs Open Access via Unpaywall + cache local. Les articles avec texte complet (📖) enrichissent la synthèse. 68 PDFs récupérés sur la dernière étude. Coût : 0€.
Étape 03c — SPECTER V5+ NEW
Embeddings sémantiques
Encodage SPECTER2 de chaque article (titre + abstract + full-text). Matrice de similarité cosinus fusionnée avec le graphe de co-citation. 84 000+ arêtes sémantiques combinées aux arêtes structurelles. Le réseau devient hybride : qui cite qui × qui ressemble à qui.
Étape 04 — SYNTHÈSE
LLM Analysis multi-axes
Claude Opus analyse les top 30 articles par cluster. 5 sections : thème, synthèse, fondateurs, tendances, controverses. + Cross-synthèse multi-axes : chronologie, convergences, analyse gap, frontières émergentes. (~1,50€/run).
Étape 04b — DISTILLATION V5+ NEW
Questions de recherche par axe
Pour chaque axe, le LLM distille les lacunes identifiées en questions de recherche opérationnelles : formulées selon les standards PICO, priorisées par niveau de preuve manquant, exportées en Markdown + JSON. Chaque cluster contribue 1–3 questions. La synthèse cross-axes produit 2–5 questions transversales prioritaires.
Étape 05 — OUTPUT
Rapport HTML + Dashboard
Rapport interactif : guide de lecture intégré, export BibTeX/CSV/JSON, liens DOI/PubMed/PDF par article. Dashboard d3.js force-directed : réseau de co-citation navigable, filtres par cluster, zoom sémantique. Zéro dépendance, ouvrable partout.
Profils chercheurs

Portraits

ORCID + OpenAlex
Investigateur · Chef biostatistique DRCI
Eric Fontas
CHU Nice · ORCID 0000-0002-1050-4574
193
Publications
9 775
Citations
8
Domaines
PU-PH Dermatologie · Président DRCI
Pr Passeron
CHU Nice · Leader international pigmentation
699
Publications
h59
H-index
16
Brevets
Nouveau · Intelligence de recherche

HAL SCOUT

Prototype · CHU Nice · Mars 2026

HAL Biblio cartographie la littérature à partir d'une question.
HAL Scout inverse le flux — il lit le profil scientifique d'un chercheur et génère les questions qu'il devrait poser.

ORCID → OpenAlex crawl → cross-analyse profil × lacunes bibliométriques → opportunités classées par nature de publication.

✦ PROTOTYPE LIVE
PASSERON × FONTAS — CHU NICE
h60 + h40 · 943 pubs croisées
250M+ articles analysés
6
Opportunités
943
Pubs croisées
250M+
Articles OpenAlex
h100
Index combiné
💰 LEVIER 2-3 ans

JAK Inhibitors → effet disease-modifying sur l'ostéoarthrite

Annals of the Rheumatic Diseases

⭐ SIGNATURE 2-3 ans

HIV aging → signatures de vieillissement cutané accéléré

The Lancet HIV

✅ SOCLE 6-18 mois

Pollution → hyperpigmentation urbaine — données SNDS françaises

JAAD

⭐ SIGNATURE 2-3 ans

JAK + microbiome gut-skin → prédiction de réponse vitiligo

Nature Medicine

💰 LEVIER 4-5 ans

DERM-INFLAM Index — score composite brevetable inflammation cutanée

JAMA Dermatology

✅ SOCLE 6-18 mois

Target trial emulation — efficacité réelle traitements systémiques dermatose

British Journal of Dermatology

→ Rapport complet Hypothèses · pourquoi ce duo · lacunes bibliométriques · revues cibles
HAL Biblio

Tu poses une question → HAL cartographie la littérature

HAL Scout ✦ Nouveau

Tu donnes ton ORCID → HAL génère les questions que tu devrais poser

Nouveau · Intelligence marchés publics

HAL AO

Live · BOAMP + TED · Mars 2026

HAL Biblio produit des études. HAL Scout identifie les chercheurs.
HAL AO ferme la boucle — il surveille les appels d'offres publics pour positionner les études au bon moment.

BOAMP + TED Europa → 27 pays → scoring bibliométrie/revue sys./méta-analyse → alerte iMessage 7h00 quotidienne.

✦ LIVE
BOAMP × TED EUROPA — 27 PAYS
Cron · 7h00 · Actif
0
Alertes ≥50
3
Marchés détectés
27
Pays surveillés
2
Sources API
TED 🇸🇪 35

Systematic reviews, rapid systematic reviews — Disease Prevention & Control

European Centre for Disease Prevention and Control · Suède

TED 🇮🇹 25

Systematic Literature Review — European Food Safety Authority

EFSA · Italie

TED 🇮🇪 10

Literature Review on Inclusive Pedagogy — Deadline 3 avril 2026

National Council for Special Education · Irlande

→ Dashboard live 3 marchés · scoring · BOAMP + TED · mis à jour le 16 mars 2026
HAL Biblio

Tu poses une question → HAL cartographie la littérature

HAL Scout ✦

Tu donnes ton ORCID → HAL génère les questions que tu devrais poser

HAL AO ✦ Nouveau

HAL surveille 27 pays → alerte quand un marché public correspond à tes études

Benchmark

Le marché

17 outils · Fév 2026
17 OUTILS PASSÉS AU CRIBLE
HAL Biblio est le seul pipeline qui part d'une question de recherche et livre un rapport complet : crawl de 250M+ d'articles, téléchargement automatique des PDFs, double clustering Leiden + Louvain sur graphes de co-citation, embeddings SPECTER2, synthèse narrative multi-modèles, cross-synthesis inter-clusters, dashboard interactif d3.js — le tout avec code R reproductible et exports BibTeX/CSV.
PubMed cherche. Scopus indexe. VOSviewer visualise. Elicit résume. ARTIREV cartographie. Aucun ne fait tout ça ensemble. Nous avons comparé les 17 sur 19 critères.
→ Voir le benchmark complet
Comparatif marché
PubMedConsensusARTIREVVOSviewerElicitHAL Biblio
PrixGratuitFreemium71€/moisGratuit*$10/mois~1,50€/run
Articles/runIllimité~20500Import manuelVariable2 000+
SourceMEDLINESemantic ScholarDATA4SScopus/WoSSemantic ScholarOpenAlex 250M+
AutonomieManuelSemi-autoSemi-autoManuelSemi-auto100% autonome
Co-citation———Oui—Matrice sparse
Double clustering—————Leiden + Louvain
Synthèse narrative—Résumé IA——Résumés5 sections/cluster
Cross-synthesis—————Multi-axes
Full-text analysis————PartielPDF auto + cache
Embeddings sémantiques—————SPECTER2 fusion
Dashboard réseau———Statique—d3.js interactif
Export BibTeX/CSVMEDLINE———CSVJSON + BibTeX + CSV
Guide de lecture—————Intégré au rapport
Portrait auteur—————Oui
Reanalyse + code R—————Oui
Preuve d'absence—————Oui
* VOSviewer : gratuit mais nécessite import manuel depuis Scopus/WoS (abonnement institutionnel) et paramétrage expert.
Le seul.
Les autres trouvent des articles.
HAL Biblio lit un champ entier —
et révèle les questions que la science n'a pas encore posées.
Ce que tous les outils font
Synthétiser
des articles
Un résumé par article.
Un cluster par requête.
Une vue. Un axe. Un instant.
Ce que HAL Biblio fait seul
Cross-synthèse
multi-axes
4 axes en parallèle. HAL les lit ensemble —
détecte les convergences, les zones de friction,
les angles morts entre clusters.
Et distille : les questions que personne n'a encore posées.
PubMed · Scopus · Dimensions — indexent
Consensus · Elicit · SciSpace — résument article par article
VOSviewer · Connected Papers · ARTIREV — cartographient
HAL Biblio — crawl · clusters · synthèse narrative · cross-synthèse multi-axes · questions de recherche distillées
→ Benchmark complet — 10 outils · 19 critères